Futbalový klub ŠK Svätý Jur vznikol v roku 1923. Jeho založenie sa spája s menami niekoľkých nadšencov: Janka Kupku, Ľudovíta Kadleca, Jána Kollára, Jána Pavloviča, Jána Rudolfa, Ladislava Šteinera a ďalších. Zakladajúca schôdza sa uskutočnila v hostinci p. Pagača, dnes reštaurácii Šálka. Vtedy sa ešte hrávalo na ihrisku pri cintoríne a ako hlavný problém sa ukázalo kúpiť loptu, kopačky a športové dresy. Tak sa aj stalo a ihrisko bolo v roku 1923 vysvätené. Prvý zápas sa odohral so Stupavou, ktorú ŠK Svätý Jur porazil 2:0. V roku 1925 bol futbalový oddiel ŠK Svätý Jur prijatý do Bratislavskej župy ako jej 19. člen. V roku 1929 daroval futbalovému oddielu ŠK Svätý Jur pozemok pod ihrisko miestny statkár Andrej Končinský. V roku 1934 už hralo A-mužstvo ŠK Svätý Jur v okresnej lige. V roku 1938 mužstvo postúpilo do IV. triedy. Počas majstrovskej sezóny 1940/41 boli v mužstve ŠK Svätý Jur výborní hráči: Rudolf Böhm, Rudolf Kadlec, Ľudovít Kadlec ml., Ján Dostál, Štefan Zeman, Ján Šteiner, Ján Žáček a ďalší. V roku 1942 bol ŠK Svätý Jur premenovaný na OH Svätý Jur, čo trvalo do konca vojny. Po oslobodení sa klub vrátil k názvu ŠK Svätý Jur. V roku 1948 klub postúpil do III. triedy. V sezóne 1952/53 opäť bojoval v okresnej súťaži, ktorú aj vyhral. V roku 1959 bola v ŠK Svätý Jur založená prípravka a dorast. V roku 1968 vznikol oddiel starých pánov, ktorý sa v roku 1974 premenoval na Veterán ŠK Svätý Jur. V roku 1983 postúpilo mužstvo ŠK Svätý Jur do IV. triedy. V roku 1991 postúpilo do IV. ligy. V sezóne 1995/96 sa ŠK Svätý Jur po prvýkrát v histórii prebojoval do III. ligy, v ktorej pôsobil do roku 2000. V roku 2001 bol vybudovaný nový štadión s umelou trávou. V roku 2003 postúpilo A-mužstvo ŠK Svätý Jur opäť do III. ligy, v ktorej pôsobilo do roku 2006. V sezóne 2007/08 postúpilo A-mužstvo do IV. ligy, v ktorej pôsobilo až do roku 2013. V sezóne 2013/14 A-mužstvo zostúpilo do V. ligy, v ktorej pôsobilo do roku 2017. V sezóne 2017/18 A-mužstvo postúpilo do IV. ligy, v ktorej pôsobilo do roku 2020. V sezóne 2020/21 A-mužstvo zostúpilo do V. ligy, v ktorej pôsobí aj v súčasnosti.